La situation sanitaire est marquée par de forts taux de mortalité. Selon une enquête démographique et de santé de 1998-99, près de 80 000 enfants meurent avant l'âge de 1 an. La principale cause de décès infantiles sont des maladies pour lesquelles des traitements médicaux existent mais par manque de moyen, ces derniers ne peuvent être prescrits aux populations. Ainsi, les statistiques sanitaires et les résultats d'une enquête démographique et de santé en 1998 montrent que sur 100 enfants malades, 11 présentent des symptômes d'infections respiratoires aiguës, 35 ont un aspect palustre et 20 ont une diarrhée. La paludisme représente une des principales causes de morbidité avec, en moyenne, 600 000 cas par an. Son incidence a baissé progressivement passant de 7.6 % en 1988 à 5.4 % en 1997. Quant à la rougeole, son incidence a aussi diminué en quelques années mais cette maladie, comme la méningite, connaît des poussées épidémiques cycliques, ce qui a été le cas en 2000 et en 2001.

Ce fort taux de mortalité infantile peut s'expliquer tout d'abord par de mauvaises pratiques d'hygiène et d'assainissement. En effet, malgré les efforts constatés ces dernières années pour pourvoir les grandes villes de systèmes d'évacuation des eaux usées et des eaux pluviales, la situation d'assainissement demeure encore un problème de santé. Une grande majorité de la population n'est pas encore détachée des mauvaises conditions d'hygiène personnelle et domestique. Le manque d'accès à l'eau potable (seulement 34 % des Burkinabés y ont accès) est une des causes importantes qui favorise la propagation des maladies.
Parallèlement, le mode d'évacuation des ordures ménagères pose problème. Une très faible part de la population utilise les poubelles : les immondices sont tout simplement à même le sol, ce qui aggrave considérablement les conditions d'hygiène, notamment des enfants.

La seconde explication avancée est celle de la faiblesse du suivi de l'enfant par sa mère, conjuguée avec l'accès difficile aux centres de santé. De manière générale, les mères ont une méconnaissance dans le domaine de la santé, ce qui est très préjudiciable pour le bien être de leurs progénitures. Elles ne connaissent pas les maladies dont peuvent être victimes les enfants et surtout elles ne connaissent pas les moyens pour éviter de telles infections (vaccination, règles d'hygiène...).

Par ailleurs, le pays fait face à un double fardeau de transition démographique accompagnée d'une transition épidémiologique ce qui entraîne l'émergence de certaines maladies comme les maladies cardio-vasculaires, les maladies liées au stress, à la pollution, à la consommation alimentaire.

Enfin, les endémies majeures comme la tuberculose ou encore la lèpre constituent d'importants problèmes de santé publique. Mais le fléau le plus préoccupant est le SIDA qui se caractérise par sa progression rapide et son expansion dans toutes les couches sociales. Officiellement 10 cas ont été déclarés en 1986 et 2 166 en 1998. Mais à la fin des années 1999, ONU SIDA estimait que 350 000 personnes vivaient avec le SIDA au Burkina Faso. L'absence de prévention et de dépistage risque malheureusement d'aggraver cette situation déjà désastreuse.